2021 年第 7 期 第 19 卷

喉鳞状细胞癌的转录组数据分析及生物标志物筛选

作者：王娜娜，杨川

单位：1延安大学附属医院耳鼻咽喉科，2河北医科大学第二医院耳鼻咽喉科，3平昌县人民医院耳鼻咽喉科

关键词：喉鳞状细胞癌长链非编码RNA竞争性内源RNA转录因子网络DNA甲基化

• 摘要：
• 【摘要】

  目的 通过数据挖掘分析长链非编码 RNA（lncRNA）、微小 RNA（miRNA）和信使 RNA（mRNA）在喉

  鳞状细胞癌中的相互作用机制。方法 从肿瘤基因图谱（TCGA）中获取喉鳞状细胞癌的 lncRNA、miRNA、

  mRNA 表达谱数据及相关临床数据，从 TCGA 和 GEO 数据库中获取喉鳞状细胞癌的 DNA 甲基化数据。进行蛋

  白相互作用（PPI）、基因文本（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路分析和 Kaplan-Meier 生存分

  析，构建竞争性内源 RNA（ceRNA）网络和转录因子调控网络。结果 LINC00278、LINC00689、MYHAS、miRNA-

  99a 和 miRNA-301a 属于低风险基因（HR﹤1）；MNX1-AS1、LINC02575、HOXB-AS4、LSAMP-AS1、LINC02086、IGFL2-AS1、LINC02253、CASC20、miRNA-383、miRNA-196a-2、miRNA-196a-1、miRNA-100 和 miRNA-4652 属于高风

  险基因（HR﹥1）。ceRNA 网络中有 11 个 lncRNA（LINC02576、LINC02086、AC020659.1、LINC00528、LINC00689、

  HOXB-AS4、MNX1-AS1、LINC00278、AC010624.1、AC016773.1、MYHAS）、5 个 miRNA（has-miRNA-206、has-miRNA-573、has-miRNA-3662、has-miRNA-133b、has-miRNA-449a）和 12 个 mRNA（STC2、PAX3、NETO2、EIF5A2、ADPRHL1、SYNM、ACTA1、GPR156、CLIC5、BMP3、HNF4A、FOXL2）。MYHAS 的共表达 mRNA（cor-mRNA）主要富

  集在钙信号通路、环磷酸鸟苷（cGMP）-cGMP 依赖性蛋白激酶（PKG）信号通路和催产素信号通路等。转录因子

  网络中有9个转录因子（MYOD、RSRFC4、TAL1BETAITF2、YY1、P300、PAX3、PAX5、ZID和OLF1）。喉鳞状细胞

  癌 DNA 甲基化分析得到 75 个甲基化位点，对应高甲基化基因 56 个，低甲基化基因 15 个。结论 ceRNA 网络并

  不能完全阐释 lncRNA、miRNA 和 mRNA 在喉鳞状细胞癌发生中的作用机制，lncRNA、miRNA 和 mRNA 在喉鳞

  状细胞癌发生过程中既相互联系又相互独立。筛选出的 lncRNA、miRNA 和 mRNA 为试验验证缩小了范围并提

  供了理论基础。MYHAS在喉鳞状细胞癌中发挥重要作用，是一个潜在的生物学靶点。